I boschi del Parco delle Cave sono distribuiti soprattutto nella sua parte centrale e sono piccoli frammenti delle foreste che un tempo coprivano gran parte della Pianura Padana: i querco-carpineti. Si tratta di boschi legati alle zone dove la falda non affiora, lontane dai corsi d'acqua. Come dice il nome stesso, le specie arboree che li caratterizzano sono le querce (tamia e rovere) e il carpino bianco; questi boschi hanno una struttura complessa che comprende diversi strati.Nello strato arboreo, oltre alle piante già citate, possono comparire anche i frassini, gli aceri e il ciliegio selvatico, mentre nello strato arbustivo dominano il nocciolo, il sanguinello, il biancospino, la berretta del prete e il ligustro. All'inizio della primavera lo strato erbaceo si caratterizza per la presenza di piante con fiori vistosi come l'anemone dei boschi, la primula, il sigillo di Salomone, il mughetto e la pervinca. I boschi sono habitat articolati ed al loro interno variegati. In virtù di questa loro caratteristica ospitano una notevole diversità di specie animali. Fra i vertebrati, i mammiferi quali arvicole e topi selvatici sono presenze comuni ma elusive . Alcune specie di uccelli, come il picchio verde e il picchio rosso maggiore, sono tipiche dei boschi più maturi. Molte altre specie abbondano negli strati inferiori della vegetazione arborea ed arbustiva, come l'usignolo e la capinera, o negli strati superiori della chioma, come le cince, i luì delle diverse specie, i fringuelli e gli storni, che con i picchi condividono la caratteristica di nidificare nelle cavità degli alberi. Altre specie, infine, quali l'allocco, nidificano nel bosco o al suo margine ed utilizzano ambienti 'aperti' circostanti per ricercare le prede. Come si può dedurre dal gran numero di specie potenzialmente presenti, questa vegetazione forestale ha una grande importanza per il mantenimento della biodiversità vegetale e animale.